由于蛋白質表面離子化側鏈的存在，蛋白質帶凈電荷 。由于這些側鏈都是可以滴定的（titratable），對于每個蛋白都存在一個pH使它的表面凈電荷為零即等電點 。
在等電點時，蛋白質分子以兩性離子形式存在，其分子凈電荷為零(即正負電荷相等)，此時蛋白質分子顆粒在溶液中因沒有相同電荷的相互排斥，分子相互之間的作用力減弱，其顆粒極易碰撞、凝聚而產生沉淀，所以蛋白質在等電點時，其溶解度最小，最易形成沉淀物 。等電點時的許多物理性質如黏度、膨脹性、滲透壓等都變小，從而有利于懸浮液的過濾 。在等電點外的所有其他pH值，依據蛋白質所帶凈電荷采用電泳和離子交換層析來分離和分離純化該蛋白質 。
【如何確定蛋白質等電點】等電點沉淀主要應用于蛋白質等兩性電解質的分離提純，還可應用于大豆異黃酮的分離：用等電點沉淀法脫去蛋白質，可提高異黃酮制品的純度，異黃酮截留率為7.2%，蛋白質截留率為91.1% 。
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