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1、在地質歷史上，生物集群滅絕事件發生后往往會出現微生物的繁盛現象，通過研究微生物巖或保存良好的微生物有機壁化石，就可以深入了解集群滅絕發生的過程 。
【為什么微生物化石能提供地球發生大災難的線索】2、微生物巖代表了一種以藍細菌和其他底棲生物為主體的獨特生態系統，是一種沉積巖，由生活在海底的微生物群落通過生長和生理活動，引導沉積物沉淀和生物礦化作用而產生 。因此，微生物巖是海洋微生物群落興衰的直接證據 。
3、比如 ， 在距今約2.5億年的二疊紀末期，地球上最嚴重的集群滅絕事件發生以后，全球淺海地區就廣泛分布有微生物巖 。而晚泥盆世的集群滅絕中，菌藻類生物也更加繁盛 。在晚弗拉西斯期 ， 刺激菌藻類生物生長的元素含量幾次突然增加 。這可能是因為晚泥盆世陸生植物大規模繁盛 ， 使得生物的化學風化作用加速進行，導致地表徑流向海洋輸送的營養物質急劇增加 ， 從而進一步改變了海洋化學環境，最后富營養化的海水使菌藻類生物過度繁盛，并造成其他生物滅絕 。
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