合同糾紛保存證據應該對《合同書》及有關協議，以及當事人約定納入合同內容的有關資料完整保存 。在合同履行過程中當事人向對方履行了合同的證據要保存 。在合同履行過程中向對方發送的告知、通知、提出的異議 。
【法律依據】
《民事訴訟法》第六十三條規定，證據包括：
【如何保存合同糾紛的證據】（一）當事人的陳述；
（二）書證；
（三）物證；
（四）視聽資料；
（五）電子數據；
（六）證人證言；
（七）鑒定意見；
（八）勘驗筆錄 。
證據必須查證屬實，才能作為認定事實的根據 。
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