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1、斜面傳代保藏法 。此法是把菌種接種到所需要的斜面培養基上，在最適溫度下培養，長出豐滿的菌體細胞或孢子后，置于4℃冰箱或冷庫保藏 。此法方法簡單，存活率高，適用于各類菌株的保藏 。但保藏時間不長，需定期傳代，傳代過程中易退化污染，只適用于短期保藏 。
2、甘油管冷凍保藏法 。甘油管保藏法是將富集培養后的菌液與已滅好的甘油充分混合，使終濃度控制在20-30%之間，分裝至甘油管中，最后置于-70℃冰箱或液氮罐保藏 。此法相比斜面傳代保藏時間更長，溫度越低，保藏時間越久 。
3、液體石蠟保藏法 。液體石蠟保藏是在斜面培養或穿刺培養上加一層液體石蠟，液體石蠟可以防止失水干燥，隔絕空氣，降低菌種細胞代謝速率 。此法更適用于細菌和酵母菌 。
4、沙土管保藏法 。沙土管保藏法是把微生物附著在砂質載體上，目的是為了將微生物賴以生存的水分蒸發掉，使細胞處于休眠和代謝停滯狀態，從而達到較長保藏的目的 。此法適用于霉菌和放線菌 。
【常見的菌種保藏方法有 常見的保存菌種的方法】5、真空冷凍干燥保藏法 。該法集中了菌種保藏中低溫、缺氧、干燥和添加保護劑等多種有利條件，使微生物的代謝處于相對靜止狀態 。同時該法可用于細菌、放線菌、絲狀真菌、酵母菌及病毒的保藏 。因而具有保藏菌種范圍廣、時間長（10-20年）、存活率高等特點，是目前最有效的菌株保藏方法之一 。
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