事故原因并沒有陪伴“長尾鯊”號長眠深海，軍方圍繞這第一艘失事的核潛艇展開調查，他們從海底散落的核潛艇碎片中，發現了變形的水管殘片，并據此判斷可能是“長尾鯊”號的發動機房的水管出現了崩裂，導致進水和電線短路，致使潛艇控制系統自動關閉了核反應堆 。但依照當時的設計，要重啟熱核反應堆至少要45分鐘，正是這項設計缺陷導致 “長尾鯊”號無法脫險 。于是美國海軍后來改進了核潛艇反應堆的設計，可以實現關停后的迅速重啟 。也有人把原因歸結于“長尾鯊”號機艙附近的海水系統出了毛病，可能是在檢修中在敏感部位使用了電焊，導致周圍的海水在壓力作用下涌入艙室，致使輸電網絡失效，反應堆關停，潛艇失去動力 。
總之，無論如何，激烈的不計后果的軍備競賽，使得這艘核潛艇的確有設計不足之嫌，下水兩年內的大部分時間都停在船塢里，第一次試潛，就遭遇了滅頂之災，成為了冷戰的犧牲品 。
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