瘟神的主人神秘人救下了紅姑娘，并賜予她強大的力量 。紅姑娘假意投靠神秘人，接到的第一個命令卻是暗中保護花神等人 。
花神得到消息，黃帝終于打敗了蚩尤，統一了中原 。沒多久，突變襲來 。天上出現了十個太陽 。玉帝取出盤古留下的神弓卻無法使用 ?；ㄉ裾业搅撕篝?。后羿用神弓射下了九個太陽 。后羿深愛嫦娥，謝絕了玉帝招他成仙的邀請，只是推辭不過，收下了王母賞賜的仙丹 。后羿徒弟逢蒙覬覦仙丹，趁后羿出門想偷取仙丹卻被嫦娥發現 。爭斗中，嫦娥情急之下吞下仙丹飛天而去 。后羿誤會嫦娥，幾欲射殺嫦娥 ?；ㄉ褡尯篝嗝靼琢耸虑榈恼嫦?。逢蒙卻被神秘人救走 。
在天池附近，花神等人遇到了水靈族人 ?；ㄉ翊饝`族長老幫助解決水靈獸發狂導致族人斷水一事 。水靈族的共工跟隨花神等人前去天池 。花神等人敵不過水靈獸 ?；ㄉ窈蜕褶r被水靈族上任長老救下，又得知了水靈族以及真水、水靈獸跟女媧之間的來龍去脈 。與此同時，花神對神農的感情也慢慢發生了變化 。花神收服了水靈獸 。共工卻吞下水靈獸的內丹成為水神，搶奪真水 。祝融修行經過此地，與共工進行了一場水火大戰 。共工逃走，花神為了真水回到水靈村查詢共工的下落，卻發現水靈族人被逢蒙和紅姑娘劫持 。逢蒙要求花神交出真水 。紅姑娘殺掉逢蒙，獨自離去 。花神也接到消息，天庭再遭變故，玉帝失蹤 。人間的黃帝也忽得怪病，昏迷不醒 。天人兩界一片大亂 ?；ㄉ駮簳r放棄了取最后的真水，開始著手調查 。一直隱藏在暗處的神秘人魔帝終于現身，他從花神處偷得了部分凈土，吸取了其中的力量，并占用了龍太子的身軀，妄圖稱霸天人兩界 ?；ㄉ裨俅蔚弥肆钭约赫痼@的家族秘史：盤古開天后，筋骨血脈化為人間的凈土真水 。女媧吸收了天地之靈氣，隨后生下玉帝、黃帝與花神 。女媧也開始造人做為黃帝的子民 。正當女媧準備神游天外的時候，竟然又生下一子 。此子降生時伴有天劫：天上破了一個大洞 。女媧認為此子為不祥之人，補天后，把此子封印在九重天外 。然后自己神游而去 。魔帝默默孕育修煉，終于沖破封印，發現天上人間并無自己容身之處 。不甘心的魔帝便開始了報復計劃，意圖統一天人兩界 。
花神連勸帶斗仍然控制不住魔帝的擴張 。危難中，趙公明和六姑娘等幾對情侶也終于沖破了內心的顧慮，走到了一起 。瘟神和共工戰死 。后羿、紅姑娘、趙公明、句芒、寶娘等人也紛紛死在魔帝手中 ?；ㄉ癫活櫼磺羞`反天宮第一禁忌進到盤古洞中，拿出開天斧，要和魔帝生死決戰 。不料花神自己被開天斧控制了神智，戾氣大增，反而同魔帝聯起手來 。
水靈族長老用生命為代價救下神農，并傳給他水靈咒 。神農用水靈咒喚醒了花神 ?；ㄉ裼写棠У郾荒У郯l現 。魔帝開始追殺花神 。岌岌可危之時，女媧回歸，降伏了魔帝 ?；ㄉ駝裾f母親放過魔帝 。女媧遂開辟了冥界供魔帝職掌 。
眾人皆以為天上人間重歸太平 。不料女媧看見人間仍然是荒蕪一片，紛亂四起，十分寒心，有了滅世的念頭 。玉帝和黃帝聯手與女媧一戰，終不是女媧的敵手 。緊要關頭，花神取得了真水，人間終于開出鮮花 。女媧見此景象，認為人間尚有希望，打消了滅世的念頭，再次神游而去 。
天上人間重歸和諧 。神農也寫出利用鮮花和草藥制成的藥方，供世人對付瘟神留下的瘟疫 。神農再也隱瞞不住自己的病情，終于病發 。原來神農嘗遍百草，體內毒素已經到了不可控制的地步 。神農再次拒絕了花神化身成仙的建議 。花神含淚看著神農死去 。花神率領七仙女在天上灑下鮮花，仿佛在滌清人間一切污穢，又仿佛在默默懷念著神農。
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