2000年，中南工業大學、湖南醫科大學和長沙鐵道學院三校實施合并，首任校長由原湖南醫科大學校長擔任，而黃伯云則擔任了常務副校長 。
2001年12月至2004年8月，黃伯云任中南大學黨委常委、校長 。
2004年9月至2011年10月，任中南大學黨委常委、校長(副部長級) 。2004年9月，中南大學升格為黨委書記和校長為副部長級的高校 。
麓山巍巍，湘水泱泱，宏開學府，濟濟滄滄；承朱張之緒，取歐美之長 。
湘江兩岸，依巍巍岳麓，臨滔滔湘水，知行合一，經世致用 。
【中南大學,985大學【誰是湖南第一】】 不管誰是湖南第一高校，新時代的中南大學和湖南大學，負重前行，高質量建設，高質量發展，正在為中部崛起，為建設社會主義現代化強國貢獻更大的高等教育力量！
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