同工酶技術不僅逐漸應用于微管類植物的分類，在苔蘚植物中也越來越受到重視 。邵林祥、郭水良等利用SOD和EST同工酶對19種具有優勢配子體的苔蘚植物進行了研究，并對它們的種間關系進行了整理 。結果表明，苔蘚植物具有較高的遺傳多樣性，可以直接有效地反映苔蘚植物類群間的系統關系 。同工酶技術不僅可用于品種分類，還可用于品種鑒定 。目前，由于大部分分類植物品種長期引種、命名不規范，以及新品種不斷涌現，同音異義現象十分嚴重，直接影響優良品種的推廣和育種工作的開展 。因此，及時識別每個品種是非常必要的 。利用同工酶技術鑒定果樹品種已被許多學者采用 。羅、王萬雙等[26]利用聚丙烯酰胺凝膠電泳分析了不同柿子品種的過氧化物酶(POX)、α-淀粉酶(α-Amy)和超氧化物歧化酶(SOD)同工酶 。對69個參試品種的17組3類同工酶譜帶的分析結果表明:(1)23個品種的8組同工酶鑒定結果與形態鑒定結果一致；(2)有兩組4個品種的鑒定結果與形態鑒定完全不一致 。
【花卉品種分類的研究概況】
然而，同工酶分子標記存在一些不足，同工酶多態性較低 。其次，同工酶結果不是很穩定，容易受到環境、采樣位置、發育階段等因素的影響 。此外，兩個不同的基因位點可能編碼具有相同電泳遷移率的酶，導致假同源性 。同時，電泳技術一般局限于結構基因編碼的水溶性蛋白質，其中電泳只能檢測影響電泳遷移率的蛋白質，因此同工酶總是低估了物種間的實際差異 。
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